Les scientifiques essayent de remonter la trace du COVID-19 jusqu’à un animal sauvage hôte du virus, mais il est tout aussi nécessaire d’avoir une vue globale des problèmes et d’analyser le rôle que joue la production agroalimentaire industrielle dans l’émergence des nouveaux virus et en particulier de ce dernier.

83 % des poulets sont élevés de cette façon en France. Photo L214

Article du Guardian "Is factory farming to blame for coronavirus ?" - L’agriculture industrielle est-elle responsable du coronavirus ? - par Laura Spinney, paru le 28 mars.

D’où vient le virus qui est à l’origine de la pandémie actuelle ? Comment est-il parvenu sur le marché alimentaire de Wuhan, en Chine d’où il serait passé aux humains ? Les pièces du puzzle sont petit à petit assemblées et l’image qui en résulte est plutôt dérangeante.

Reprenons tout au début. Dès le 17 mars, nous savons que le virus Sars-CoV-2 (un membre de la famille des coronavirus qui provoque la maladie respiratoire Covid-19) est le résultat d’une évolution naturelle. L’étude du séquençage génétique du virus, menée par l’expert en maladies infectieuses Kristian G. Andersen et ses collègues du Scripps Research Institute à La Jolla, en Californie, exclut la possibilité qu’il ait pu être produit en laboratoire ou par génie génétique. Dommage pour les complotistes et leurs théories fumeuses.

L’étape suivante est un peu moins certaine, mais il paraît probable que les chauves-souris aient été l’animal originel réservoir du virus. L’équipe d’Andersen a montré - comme les Chinois avant eux - que la séquence de Sars-CoV-2 est similaire à d’autres coronavirus qui infectent les chauves-souris.

Comme d’autres coronavirus de chauve-souris ont transité vers l’homme via un animal hôte intermédiaire, il apparaît probable que ce soit ici aussi le cas. Cet animal était probablement un animal que certains Chinois aiment manger, et donc vendu sur des marchés dits "humides" ou marchés qui vendent de la viande fraîche, du poisson, des fruits de mer et d’autres produits. Cet animal était peut-être le mammifère à écailles appelé pangolin. On ne peut être le prouver de manière concluante, mais plusieurs équipes ont trouvé des similitudes de séquence entre le Sars-CoV-2 et d’autres coronavirus qui infectent les pangolins.

Kristian G. Andersen précise : "Notre étude n’apporte pas vraiment d’éclairage sur l’origine géographique du virus. Mais toutes les preuves à disposition montrent qu’elle se situe à l’intérieur de la Chine."

L’affaire serait donc classée et le président Trump aurait raison d’appeler le Sars-CoV-2, le "virus chinois"  ? Non, ce n’est pas si simple. En effet, si vous voulez comprendre pourquoi cette pandémie éclate aujourd’hui et non pas, disons, il y a 20 ans - sachant que le goût des Chinois pour ce qui nous apparaît en occident comme des mets exotiques n’est pas quelque chose de nouveau - vous devez tenir compte d’un certain nombre d’autres facteurs . "Nous pouvons accuser l’objet - le virus, les pratiques culturelles - mais la chaîne de causalité s’élargit aux rapports entre les humains et l’écologie ", explique le biologiste évolutionniste Rob Wallace de l’Agroecology and Rural Economics Research Corps à S^t Paul au Minnesota.

À partir des années 1990, avec la transformation de son économie, la Chine a aussi intensifié et industrialisé ses systèmes de production alimentaire. Les anthropologues Lyle Fearnley et Christos Lynteris ont bien montré le corolaire de cette industrialisation : les petits agriculteurs n’ont pas pu résister à cette concurrence et ont été expulsés du secteur industriel de l’élevage. Certains d’entre eux ont cherché de nouvelles sources de revenus pour vivre et se sont donc tournés vers l’élevage d’espèces "sauvages" qui n’étaient auparavant consommées que comme moyen de subsistance. La production et l’approvisionnement en animaux sauvages se sont structurés pour former un nouveau secteur qui a été de plus en plus considéré comme un secteur de luxe. Mais les petits paysans n’ont pas été expulsés seulement économiquement. Alors que les exploitations agricoles industrielles accaparaient de plus en plus de terres, ces petits paysans ont aussi été expulsés géographiquement vers des zones non cultivables et toujours plus près des limites des forêts, c’est-à-dire là où se cachent les chauves-souris et les virus qui les infectent. La densité et la fréquence des contacts a augmenté sur cette première interface ainsi que le risque de contagion.

Pour le dire avec d’autres mots, il est vrai que la croissance de la population humaine et sa pénétration dans des écosystèmes jusque là inviolés ont contribué à l’augmentation du nombre de zoonoses - infections humaines d’origine animale - au cours des dernières décennies. Cela a été documenté pour les virus Ebola et pour le VIH, par exemple. Mais derrière cette mutation, il y en a eu une autre dans la façon dont notre nourriture est produite. Les modèles modernes de l’agrobusiness contribuent à l’émergence des zoonoses.

Prenez la grippe, une maladie dont on estime qu’elle a un potentiel pandémique élevé et qu’elle a causé environ 15 pandémies lors des 500 dernières années. "Le lien est on ne peut plus clair entre l’émergence de virus de la grippe aviaire hautement pathogènes et l’intensification des systèmes de production de volailles", explique Marius Gilbert, chercheur en épidémiologie spatiale à l’Université Libre de Bruxelles en Belgique.

Parmi ces causes, dont beaucoup ont été documentées dans le livre de Wallace "Big Farms Make Big Flu" ("Les grande fermes font les grandes grippes", paru en 2016), on trouve notamment la densité avec laquelle les poulets, les dindes ou d’autres volailles sont entassés dans les fermes industrielles, et le fait que dans une ferme donnée, les oiseaux tendent à être quasiment des clones génétiques les uns des autres, après avoir été sélectionnés pendant des décennies pour obtenir des caractéristiques souhaitables comme le taux de viande maigre. Si un virus est introduit dans un tel lot de volailles, il peut s’y propager à grande vitesse sans rencontrer la moindre résistance sous forme de variantes génétiques qui empêcheraient sa propagation. Il a été démontré expérimentalement et confirmé par des observations sur le terrain que ce processus peut entraîner un accroissement de la virulence du virus. S’il passe ensuite aux humains, nous sommes potentiellement en danger.

Dans un article publié en 2018, l’équipe de Marius Gilbert a étudié les "événements de conversion" historiques, comme ils les appellent, c’est-à-dire le fait qu’une souche de grippe aviaire peu pathogène devienne beaucoup plus dangereuse, et a constaté que la plupart de ces événements s’étaient produits dans des systèmes d’élevage de volailles commerciaux, et le plus souvent dans les pays riches. L’Europe, l’Australie et les États-Unis en avaient généré plus que la Chine.

Cela ne décharge pas la Chine de sa responsabilité. Deux formes de grippe aviaire hautement pathogènes - H5N1 et H7N9 - sont apparues dans ce pays au cours des dernières décennies. Les deux peuvent contaminer les humains, bien que ce ne soit pas (encore) facile. Les premiers cas humains de H7N9 ont été signalés en 2013 et il y a eu ensuite chaque année des petits foyers. Mais, comme le dit Marius Gilbert, "Ce n’est que quand le virus est devenu pathogène aussi pour les poulets, qu’enfin des mesures ont été prises. C’est alors devenu un enjeu économique important et la Chine a commencé à procéder à une vaccination de masse de ses volailles contre le H7N9. C’est ainsi que la transmission aux humains a été stoppée."

La Chine est l’un des principaux exportateurs mondiaux de volailles, mais son industrie avicole n’est pas entièrement dans ses mains. Après la récession de 2008, par exemple, la banque d’investissement Goldman Sachs qui a son siège à New York diversifia ses avoirs et investit dans les exploitations avicoles chinoises. Ainsi, même si la Chine a sa part de responsabilité dans le passage des pathogènes aux humains, elle n’est pas la seule. C’est pour ça que Wallace insiste pour parler de géographies relationnelles plutôt que de géographies absolues, lorsqu’il s’agit d’identifier les causes de la maladie. Ou comme il le dit : "Suivez l’argent."

Tout le monde ne fait pas de lien direct entre l’élevage industriel et les formes nouvelles et dangereuses de grippe. Michael Worobey, biologiste évolutionniste à l’Université de l’Arizona, fait remarquer qu’avant d’être introduites dans des fermes industrielles, les volailles étaient gardées à l’extérieur. Le modèle d’usine peut augmenter la virulence, dit-il, mais il protège probablement un troupeau d’être infecté par un virus en premier lieu.

Pourtant, Michael Worobey ne doute pas que l’agriculture et d’autres interactions entre les humains et les animaux aient façonné l’écologie de nos maladies. Son équipe rassemble les séquences des virus de la grippe à partir d’un éventail d’animaux hôtes, humains inclus, et les place sur un arbre généalogique pour essayer de comprendre comment la grippe a évolué dans le temps. La grippe mute constamment - c’est pour cela que le vaccin contre la grippe saisonnière doit être actualisé chaque année - mais il mute à des vitesses différentes suivant les hôtes, ce qui signifie que cet arbre généalogique de la grippe nous informe à la fois sur la lignée et l’hôte intermédiaire de chaque souche, mais permet aussi de dater approximativement dans le passé, les événements de passages d’une espèce à l’autre.

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Mais tous s’accordent sur le fait que les humains ont façonné par leur manière d’utiliser les sols et les autres espèces animales, ces liens entre agents pathogènes et animaux hôtes. Et comme le souligne Michael Worobey, vu la population mondiale actuelle avec plus de 7 milliards d’humains nous le faisons au XXI^e siècle, à une échelle encore jamais vue. Il estime par exemple que le nombre de canards domestiqués dépasse aujourd’hui le nombre de canards sauvages.

Et il ne s’agit pas uniquement de volatiles. Marius Gilbert pense que l’on assiste aussi à un accroissement de la virulence des virus au sein des troupeaux de porcs. Le syndrome dysgénésique et respiratoire porcin (SDRP) est une maladie des porcs qui fut décrite pour la première fois aux États-Unis à la fin des années 1980. Depuis, elle s’est propagée à des cheptels partout dans le monde et les souches détectées récemment en Chine sont plus virulentes que les souches initiales états-uniennes. Une étude de 2015 réalisée par Martha Nelson et son équipe des National Institutes of Health des États-Unis a cartographié les séquences génétiques des virus de la grippe porcine et a mis en évidence que l’Europe et les États-Unis - les plus grands exportateurs mondiaux de porcs - sont également les plus grands exportateurs de grippe porcine.

Sur les réseaux sociaux, on a pu lire des affirmations, parfois publiées par des végans, comme quoi si nous mangions moins de viande, il n’y aurait pas eu de Covid-19. Fait intéressant, certains de ces commentaires ont été bloqués par les grands médias comme étant "partiellement faux". Mais ces affirmations sont aussi partiellement justes. Bien que le raisonnement soit trop simpliste, nous avons maintenant des preuves solides que l’émergence du Covid-19 est due en partie à la façon dont la viande est produite - et pas seulement en Chine.

Il est évident, comme l’ont soutenu Fearnley et Lynteris, que pour prévenir ou au moins ralentir l’émergence de nouvelles zoonoses, les marchés "humides" de la Chine devront être mieux réglementés. Mais au-delà de ces marchés, nous devons aussi porter notre attention sur la manière dont nos aliments sont produits mondialement.

Bien que ce ne soit peut-être pas l’impression que nous ayons, Wallace nous dit qu’en fait, nous avons eu de la chance avec le Sars-CoV-2. Il semble faire moins de victimes que le virus H7N9 qui tue environ un tiers de ceux qu’il infecte ou le virus H5N1 qui tue encore plus. C’est une bonne occasion, dit-il, de remettre en question nos modes de vie - en effet, le poulet n’est pas bon marché s’il coûte un million de vies - et de voter pour des politiciens qui imposent à l’agrobusiness des normes plus élevées de durabilité tant écologique, sociale qu’épidémiologique. "Espérons", dit-il, "que cela changera nos façon de voir la production agricole, l’utilisation des terres et la protection de la nature."

Traduction et adaptation : Christian Berdot, Amis de la Terre des Landes